Am EHF-Pokal 2006/07 nahmen insgesamt 58 Handball-Vereinsmannschaften teil, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatländern für den Wettbewerb qualifizieren konnten. Es war die 26. Austragung des EHF-Pokals. Die Pokalspiele begannen am 14. September 2006, das Rückrundenfinale fand am 20. Mai 2007 statt. Sieger des EHF-Pokals in diesem Jahr wurde der russische Verein Swesda Swenigorod.
1. Runde
Die Begegnungen der 1. Runde fanden am 14.–17. September und am 16./17./23. September 2006 statt.
2. Runde
Die Begegnungen der 2. Runde fanden am 13.-15/20./21. September und am 14./15./21./22. September 2006 statt.
3. Runde
Die Begegnungen der 3. Runde fanden am 06./07./12./13. Januar und am 06./07./13./14. Januar 2007 statt.
Achtelfinale
Die Begegnungen des Achtelfinales fanden am 17./18./24. Februar und am 18./24./25. Februar 2007 statt.
Viertelfinale
Die Begegnungen des Achtelfinales fanden am 17./18. März und am 24./25. März 2007 statt.
Halbfinale
Die Begegnungen des Halbfinals fanden am 14. April und am 21. April 2007 statt.
Finale
Die Begegnungen des Finals fanden am 11. Mai und am 20. Mai 2007 statt.
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