Am EHF-Pokal 2003/04 nahmen 56 Handball-Vereinsmannschaften teil, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatligen für den Wettbewerb qualifiziert hatten. Es war die 23. Austragung des EHF-Pokals bzw. des IHF-Pokals. Titelverteidiger war Slagelse FH. Die Pokalspiele begannen am 13. September 2003, das zweite Finalspiel fand am 23. Mai 2004 statt. Im Finale konnte sich Viborg HK gegen Győri ETO KC durchsetzen.[1]