Am EHF-Pokal 1999/2000 nahmen Handball-Vereinsmannschaften teil, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatländern über die Platzierung in der heimischen Liga für den Wettbewerb qualifiziert haben. Der EHF-Pokal wurde diese Saison das siebte Mal ausgespielt.
Titelverteidiger aus der Vorsaison war die dänische Mannschaft Viborg HK.