Am EHF-Pokal 1999/2000 nahmen 30 Handball-Vereinsmannschaften teil, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatligen für den Wettbewerb qualifiziert hatten. Es war die 19. Austragung des EHF-Pokals bzw. des IHF-Pokals. Titelverteidiger war SC Magdeburg. Die Pokalspiele begannen am 2. Oktober 1999, das zweite Finalspiel fand am 29. April 2000 statt. Im Finale konnte sich RK Metković gegen SG Flensburg-Handewitt durchsetzen.[1]
Alle Runden inklusive des Finals wurden im K.-o.-System mit Hin- und Rückspiel durchgeführt. Der Wettbewerb startete mit den Sechzehntelfinals mit allerdings nur 14 Spielen. SG Flensburg-Handewitt und SC Magdeburg zogen durch Freilos in das Achtelfinale ein.
Sechzehntelfinals
Die Hin- und Rückspiele fanden zwischen dem 2. Oktober 1999 und 10. Oktober 1999 statt.