Eberth untersucht, wie sich Veränderungen in der Umgebung auf die Evolution von Wirbeltieren und die Paläoökologie ausgewirkt haben. Seine Forschungsschwerpunkte sind die Stratigraphie und Sedimentologie. Zudem erforscht er Bone beds – Fossilienansammlungen von mehr als einem Individuum – und zeigt die Veränderungen der Umwelt auf der Erde im Laufe der Zeit auf, um Einblicke über zukünftige Ereignisse zu vermitteln.
In seinen Forschungsprojekten widmete er sich der Dokumentation der komplexen Veränderungen der Paläoumwelt und des Klimas in den letzten 10 Millionen Jahren des Zeitalters der Dinosaurier in Alberta. Er legte auch die ersten hochpräzisen absoluten radiometrischen Daten für Dinosaurier in Alberta vor und dokumentierte die Bedeutung von Dinosaurier-Knochenlager-Studien mit besonderem Bezug auf die Auswirkungen urzeitlicher tropischer Stürme auf die Sterblichkeit und Erhaltung von Dinosauriern in Westkanada. Des Weiteren führte er die ersten paläoökologischen Studien von Dinosaurierbeständen aus der späten Kreidezeit in Nordchina und der südlichen Mongolei durch.
