Dan Sperber ist der Sohn des ÖsterreichersManès Sperber, der 1933 aus Deutschland emigrieren musste, und der aus Litauen stammenden Zenija (Jenka) Zivcon. Die Eltern waren 1940 nach der Besetzung Frankreichs aus Paris in die unbesetzte Zone ausgewichen und mussten 1942 vor den deutschen Nationalsozialisten und ihren französischen Helfern in die Schweiz fliehen. Dort war Dan Sperber zunächst im Internierungslager Girenbad und dann bei einem Zürcher Pfarrer untergebracht. Manès Sperber war 1942 noch mit Mirjam Reiter verheiratet, mit der er den Sohn Vladimir Sperber (* 1934)[1] hatte. Kurz nach Kriegsende kehrte die Familie nach Frankreich zurück, Manes Sperber und Zivcon konnten erst Anfang der 1950er Jahre heiraten.
Nach der Médaille d’argent du CNRS[6] im Jahre 2002 erhielt Sperber im Jahr 2009 als erster den neugestifteten „Prix Claude Levi-Strauss“, mit der Begründung, dass seine Arbeiten in hervorragender Weise die Wechselwirkungen der verschiedenen Humanwissenschaften behandelten. Er ist seit 2008 korrespondierendes Mitglied der British Academy.
Dan genoss die Berühmtheit seines Vaters, doch „in späteren Jahren geschah es dann immer öfter, dass man Manès fragte: ‚Verzeihung, sind Sie zufällig der Vater des bekannten Forschers Dan Sperber?‘“.[7] Dan Sperber hat zwei Söhne, die 1986 und 2001 geboren sind. Er wohnt heute in der letzten Wohnung seiner Eltern an der Rue Notre-Dame-des-Champs im 6. Arrondissement von Paris.