Cyprian Godebski war Enkel des Schriftstellers Cyprian Godebski und Sohn von Historiker Franciszek Ksawery Godebski, Kustos des Lemberger Ossolineum-Instituts. Er besuchte die polnische Volksschule in Batignolles und studierte Skulptur in Paris bei François Jouffroy. 1858 zog er nach Lemberg, 1861 nach Wien und 1863 nach Sankt Petersburg, wo er zum Professor an der Akademie der Bildenden Künste berufen wurde.
Während des Pariser Aufenthaltes führte er einen künstlerisch-literarischen Salon. 1877 wurde er zum Mitglied der französischen Nationalakademie gewählt, 1889 zum Offizier der Ehrenlegion ernannt. Seine Tochter, Misia Sert, war eine Förderin der Künstler.