Conflans-sur-Anille liegt etwa 45 Kilometer ostsüdöstlich von Le Mans.
Nachbargemeinden von Conflans-sur-Anille sind Semur-en-Vallon im Norden und Nordosten, Berfay im Norden und Nordosten, Rahay im Osten, Saint-Calais im Süden und Südosten sowie Montaillé im Westen.