Natterer ist bzw. war seit 1999 Mitglied der CDU und der Jungen Union (bis 2016). Von 2004 bis 2012 war er Kreisvorsitzender der Jungen Union im Landkreis Ravensburg, von 2012 bis 2014 stellvertretender Landesvorsitzender der Jungen Union Baden-Württemberg und von 2014 bis 2016 stellvertretender Bundesvorsitzender der Jungen Union Deutschlands. Von 2014 bis 2016 war er zudem Vorsitzender der Bundeskommission Verkehrspolitik der Jungen Union Deutschlands. Seine Tätigkeit bei der Jungen Union endete im Herbst 2016 mit Erreichen der Altersgrenze von 35.
Seit 2010 ist er Vorsitzender des CDU-Stadtverbandes Wangen im Allgäu und seit 2018 Kreisvorsitzender des CDU-Kreisverbandes Ravensburg.
Bei der Bundestagswahl 2021 trat Natterer auf Platz 10 der Landesliste der CDU Baden-Württemberg an,[1] verpasste jedoch ebenso wie alle anderen Listenkandidaten der CDU, aufgrund des schlechten Zweitstimmenergebnisses der Union den erneuten Einzug in den Bundestag.[2]
Privat
Natterer ist verheiratet, hat zwei Töchter und ist römisch-katholischen Glaubens. Er wohnt in Wangen im Allgäu. Der Mathematiker Frank Natterer ist sein Onkel.