Die Pianistin und Komponistin ebnete als Frau den Weg für viele professionelle Musikerinnen in Brasilien. Sie schrieb über 300 Kompositionen für ganz unterschiedliche musikalische Formationen.
Zu Beginn ihrer Karriere war Francisca Gonzaga Mitglied der Gruppe von Joaquim Calado (1848–1880), gab Klavierstunden und spielte auf Tanzveranstaltungen. Berühmt wurde sie 1877, als ihre Komposition Atraente verlegt wurde. Sie komponierte Musik in Stilrichtungen wie Polka, Fado, Maxixe, bekannt als brasilianischer Tango, Habanera, Choro, Marcha, Dobrado, Lundu und Modinha. Daneben war sie Mitbegründerin der Sociedade Brasileira de Autores Teatrais (SBAT), die sich für die Rechte von Autoren und Komponisten einsetzt.