Cerknica wurde erstmals 1040 in schriftlichen Quellen als Circhinitz erwähnt (und 1145 als Czirknicz, 1261 als Cyrknitz und 1581 als Cirnizza). Der Name leitet sich von *Cerkvna (vas) „Kirchendorf“. Eine Kirche wurde in Cerknica schon sehr früh gegründet, wahrscheinlich bereits im 9. Jahrhundert. Die ursprüngliche Struktur wurde 1472 bei einem osmanischen Angriff niedergebrannt.[3]
Auf dem Gemeindegebiet wurden in mehreren Orten Massengräber aus der Zeit des Zweiten Weltkriegs gefunden.