Der CAF Confederation Cup 2006 war die 3. Spielzeit des zweitwichtigsten afrikanischen Wettbewerbs für Vereinsmannschaften im Fußball unter dieser Bezeichnung. Die Saison begann mit der Vorrunde am 17. Februar 2006 und endete mit den Finalspielen im November und Dezember 2006. Titelverteidiger war der marokkanische Verein FAR Rabat.
Die Begegnung wurde im gegenseitigen Einvernehmen in einer Partie entschieden.
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Moro United FC wurde gegen den Vertreter des simbabwischen Verbands gelost – da dieser Vertreter, Masvingo United, von CAF-Wettbewerben ausgeschlossen war, rückte Moro United FC automatisch in die nächste Runde.
Erste Runde
Die Hinspiele wurden vom 17. bis zum 19. März, die Rückspiele vom 31. März bis zum 2. April 2006 ausgetragen.
Da Tout Puissant Mazembe aufgrund von Transportproblemen zu spät zum Hinspiel erschien, wurde die Mannschaft disqualifiziert und Moro United FC rückte automatisch in die nächste Runde.
Zweite Runde
Die Hinspiele wurden vom 21. bis zum 23. April, die Rückspiele vom 5. bis zum 7. Mai 2006 ausgetragen.
Bei der Auslosung wurde je ein Sieger der zweiten Runde gegen einen Unterlegenen der Achtelfinale der Champions League gelost, wobei die Vereine des CAF Confederation Cups im Rückspiel Heimrecht hatten. Die Hinspiele wurden vom 14. bis zum 16. Juli, die Rückspiele vom 28. bis zum 30. Juli 2006 ausgetragen.
Die acht Sieger der Play-off-Runde wurden zu zwei Gruppen mit jeweils vier Mannschaften gelost. Die Gruppensieger qualifizierten sich für das Finale, die Zweit-, Dritt- und Viertplatzierten schieden aus dem Wettbewerb aus. Bei Punktgleichheit zweier oder mehrerer Mannschaften wurde die Platzierung durch folgende Kriterien ermittelt:
Anzahl Punkte im direkten Vergleich
Tordifferenz im direkten Vergleich
Anzahl Tore im direkten Vergleich
Anzahl Auswärtstore im direkten Vergleich
Wenn nach der Anwendung der Kriterien 1 bis 4 immer noch mehrere Mannschaften denselben Tabellenplatz belegen, werden die Kriterien 1 bis 4 erneut angewendet, jedoch ausschließlich auf die Direktbegegnungen der betreffenden Mannschaften. Sollte auch dies zu keiner definitiven Platzierung führen, werden die Kriterien 6 bis 9 angewendet.