In eine Quäkerfamilie hineingeboren entschied er sich für eine Laufbahn beim Militär und wurde 1836 an die Militärakademie in West Point, New York berufen. Nach seinem Abschluss 1840 als 23. seines Jahrgangs nahm er als Infanterieoffizier am zweiten Seminolenkrieg und am Mexikanisch-Amerikanischen Krieg teil. Wegen des Verkaufs von Konterbande wurde er 1847 vor Gericht gestellt. Einer möglichen unehrenhaften Entlassung kam er durch den Austritt aus dem Heer zuvor. Johnson lehrte Philosophie und Chemie am Western Military Institute in Georgetown, Kentucky und als Professor an der Universität von Nashville Pionierwesen. 1852 heiratete er Mary E. Hatch mit der einen Sohn hatte.
