Birgitte Gøye entstammte dem dänischen Uradelsgeschlecht Gøye/Gjøe. Sie war das zehnte und jüngste Kind des dänischen Reichshofmeisters Mogens Gøye († 1544) aus dessen erster Ehe mit Mette Bydelsbak († 1513). Nach dem frühen Tod ihrer Mutter wurde sie im BenediktinerinnenklosterRingkloster erzogen. 1538 wurde sie Hofdame von Königin Dorothea.
Ihr Vater hatte gegen ihren Willen 1525 ihre Verlobung mit Jesper Daa arrangiert. Sie wehrte sich dagegen und erreichte nach langem Streit 1540 die Auflösung dieser Verlobung. König Christian III. nahm ihren Fall zum Anlass, arrangierte Verlobungen Minderjähriger zu verbieten.[1][2]
1544 heiratete sie Herluf Trolle, der später Admiral der dänischen Flotte wurde. Das Paar hatte keine eigenen Kinder; dafür nahm sie zahlreiche Töchter aus der Verwandtschaft und dem Landadel in ihrem Haus auf und verschaffte ihnen eine humanistische Bildung.
1560 gründete sie mit ihrem Mann auf ihrem Besitz, dem im Zuge der Reformation aufgelösten Kloster Skovkloster bei Næstved im Südwesten der dänischen Hauptinsel Seeland, die Lateinschule Herlufsholm. Trolle hatte während des Studiums an der Universität Wittenberg die Bekanntschaft mit Philipp Melanchthon und seinen Erziehungsvorstellungen gemacht und setzte diese gemeinsam mit seiner Frau nicht nur in Herlufsholm um. Auch die Lateinschulen in Roskilde und Helsingör wurden von beiden durch erhebliche Geldzuwendungen gefördert. Nach seinem Tod leitete Birgitte Gøye die Schule noch bis 1567 selber weiter. Herlufsholm besteht heute noch als Schule und Internat.
Die Heimkehr ihres toten Mannes, der im Juni 1565 bei einer Seeschlacht zum Tode führende Verwundungen erlitten hatte, nach Herlufsholm beschrieb Theodor Fontane in seiner BalladeAdmiral Herluf Trolles Begräbnis:
Die Wittwe stand vor dem Trauerhaus
In ihrer Frauen Mitten.
Am Eingange stand sie, grüßte den Zug,
Aufrecht und ungebrochen.
1572 kehrte sie nach Næstved zurück; kurz darauf erhielt sie als Dotation der Krone das Gut Ydernæs bei Næstved.[4]
Birgitte Gøye starb 1574. Sie wurde neben ihrem Mann in Herlufsholm beigesetzt. Das Grabmal für beide schuf der flämische Bildhauer Cornelis Floris II.[5]