Bert Vogelstein erlangte seinen Bachelor-Abschluss 1970 an der University of Pennsylvania und seinen Medical Doctor 1974 an der Johns Hopkins University. Danach arbeitete er zunächst als Kinderarzt am Johns Hopkins Hospital (Internship 1974/75, Residency 1975/76, beides in Pädiatrie), bevor er für zwei Jahre von 1976 bis 1978 ans National Cancer Institute wechselte. Er kehrte zurück ans Johns-Hopkins-Hospital, diesmal in die Onkologie. 1978 wurde er dort Assistant Professor, 1983 Associate Professor und 1989 wurde er zum Professor für Onkologie ernannt.