1999 wurde er Vorsitzender des Diözesan-Caritasverbandes Freiburg. Er war Mitglied im Diözesanvermögensverwaltungsrat, der Kirchensteuervertretung in der Erzdiözese Freiburg und des Verwaltungsrats des Priesterpensionfonds und des Beirats der Pfarrpfründekasse. Außerdem war er Mitglied der Kommission für gesellschaftliche und soziale Fragen sowie der Caritaskommission der Deutschen Bischofskonferenz.[3] Als Vorsitzender des Ökologie-Arbeitskreises der Deutschen Bischofskonferenz hat er sich intensiv in die Diskussion zur Globalen Erwärmung eingeschaltet.
Papst Franziskus nahm am 19. Februar 2018 seinen vorzeitigen Rücktritt aus gesundheitlichen Gründen an.[4] Gleichzeitig trat er auch von dem Ämtern des Dompropstes und des Bischofsvikars für die Caritas zurück. Bernd Uhl starb am 22. Januar 2023 im Alter von 76 Jahren in Freiburg im Breisgau.[5]