1989 wurde er zum Spiritual des Studieninternats Marianum in Bregenz ernannt, ein Jahr später zu dessen Rektor. Ab 1994 leitete Elbs das Pastoralamt der Diözese Feldkirch. 2005 berief ihn Bischof Elmar Fischer zum Generalvikar. Nach dem Rücktritt Fischers als Diözesanbischof wurde Benno Elbs 2011 zum Diözesanadministrator gewählt.[1]
Sein Wahlspruch lautet Committe Domino viam tuam (Befiehl dem Herrn deinen Weg) und ist dem Psalm 37,5 EU entnommen.
In der Österreichischen Bischofskonferenz ist Elbs seit 11. März 2016 für die Caritas zuständig, zuvor war er für die Referate Weltreligionen und Laientheologen verantwortlich. Er war Vertreter der Österreichischen Bischofskonferenz bei der Familiensynode im Oktober 2015 in Rom.[3][4]
Seit Februar 2019 ist Elbs für die Gesamtthematik „Opferschutz“ zuständig und hat auch den Vorsitz im neu geschaffenen Beirat der Bischofskonferenz für diesen Bereich. Dieser Beirat hat die Aufgabe, die Bischofskonferenz in Fragen der Prävention, Maßnahmen und Regelungen bei bzw. gegen Gewalt und Missbrauch im kirchlichen Bereich zu beraten und seit März 2021 ist er zusätzlich Vorsitzender der Finanzkommission der österreichischen Bischofskonferenz.[5]
Wichtige Anliegen sind ihm, als Kirche „Wunden zu heilen und Seelen zu wärmen“ (Papst Franziskus), das Dasein für Menschen am Rande in unseren Gesellschaften wie auch global,[6][7][8] für Menschen auf der Flucht, der Schutz des Lebens[9] und der Umwelt insgesamt, die Förderung der Familie, das Bemühen um Frieden und Miteinander, gerade auch durch den Dialog der Religionen.[10]
Im Mai 2019 sprach sich Elbs für die Zulassung von verheirateten Priestern neben zölibatären Priestern in der römisch-katholischen Kirche aus.[11]
Im März 2021 befürwortete Elbs die Segnung gleichgeschlechtlicher Paare.[12]
Werft eure Zuversicht nicht weg. Tyrolia Verlag, Innsbruck-Wien 2020. ISBN 978-3-7022-3887-2
Rückenwind: Gestärkt ins Abenteuer Leben. Tyrolia Verlag, Innsbruck 2018. ISBN 978-3702236458
Wo die Seele atmen lernt. Ein neuer Blick auf Ehe und Familie mit Papst Franziskus. Styria Verlag, Wien-Graz-Klagenfurt 2016. ISBN 978-3222135415
Im Stallgeruch der Schafe. Wege pastoraler Arbeit im 3. Jahrtausend. Styria Verlag, Wien-Graz-Klagenfurt 2014. ISBN 978-3222134623
Wie ein leises Berühren. Gottes Spuren im Alltag. Ein spiritueller Begleiter durch das Jahr. Tyrolia Verlag, Innsbruck 2014. ISBN 978-3702233983
Bußerziehung und Religionsunterricht. Eine kritische Analyse gegenwärtiger Unterrichtsmittel und katechetische/religionspädagogische Aspekte zu einer verantworteten Praxis. Innsbruck 1986, (Hochschulschrift: Innsbruck, Univ., theolog. Diss.)