Das Kloster St. Gabriel entstand als eine Stiftung der Gräfin Gabriele von Swéerts-Sporck. Sie war von der Beuroner Liturgie begeistert und hatte als Wohltäterin den Wunsch, aus ihrem Vermögen in Prag das erste Benediktinerinnenkloster der Beuroner Kongregation zu gründen. Als sie 1884 starb, realisierten Verwandte den Wunsch der Verstorbenen. Das Kloster wurde dem Emmauskloster unterstellt und von dessen Abt Benedikt Sauter gefördert.
Die Grundsteinlegung erfolgte am 16. Oktober 1888. Den Entwurf schuf der Emautiner Mönch Gislen Béthun, dem auch die Bauleitung übertragen wurde. Entsprechend dem Beuroner Liturgieverständnis wurde der Altar zum Volk gewendet, womit die spätere Liturgiereform vorweggenommen wurde. Die Kirchweihe durch den Prager Erzbischof Franziskus von Paula Schönborn erfolgte am 23. April 1891. Besiedelt wurde das Kloster mit Nonnen aus der Salzburger Benediktinerinnenabtei Nonnberg. Die ersten Nonnen waren bereits am 13. September 1889 in Prag angekommen.
Nach dem Ersten Weltkrieg und der Gründung der Tschechoslowakei 1918 musste der gesamte Konvent Prag verlassen, da er überwiegend aus deutschsprachigen Schwestern bestand, die zu etwa einem Drittel dem Adel entstammten. Mit Zustimmung des Tschechoslowakischen Regierung konnten sie 1919 die Klosteranlage verkaufen und das Inventar mitnehmen.
Ende 2008 verließ der klein gewordene Konvent die Burg Bertholdstein und zog nach St. Johann bei Herberstein in ein kleines neu errichtetes Kloster in unmittelbarer Nähe des diözesanen Bildungshauses Haus der Frauen (Sankt Johann bei Herberstein). Sie versuchen, das monastische Leben mehr mit dem apostolischen zu verbinden. Die Aufnahme und Begleitung von Gästen im Sinne benediktinischer Gastfreundschaft bleibt weiterhin ihr Anliegen.
Ulrike-Johanna Wagner-Höher: Die Benediktinerinnen von St. Gabriel / Bertholdstein (1889–1919). Eos-Verlag, St. Ottilien 2008.
Inge Steinsträßer: Wanderer zwischen den politischen Mächten. Pater Nikolaus von Lutterotti OSB (1892–1955) und die Abtei Grüssau in Niederschlesien. Böhlau Verlag 2009, ISBN 978-3-412-20429-7, S. 72 (FN 4), S. 77 (FN 31) und S. 87 (FN 79)
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