Das wichtigste Ereignis in Bélas IV. Regierungszeiten war die Invasion eines mongolischen Heeres unter Batu, dem Khan der Goldenen Horde. Nach der Eroberung der Kiewer Rus (1240), des wichtigsten russischen Fürstentums, überrannten die Mongolen Halitsch-Wolhynien und griffen in zwei Heersäulen Polen und Mähren im Norden und Ungarn im Süden an. Khan Batu und Subutai führten die mongolische Hauptstreitmacht im Süden auf die ungarische Hauptstadt Ofen zu. Am 11. April 1241 wurden die Ungarn unter Béla IV. in der Schlacht bei Muhi vernichtend geschlagen. Im Anschluss daran vereinigten sich die mongolischen Abteilungen wieder auf ungarischem Gebiet. Der flüchtende Béla wurde von den Mongolen bis an die kroatische Mittelmeerküste verfolgt. Nach dem unerwarteten Tod des GroßkhansÖgedei brach Batu jedoch seinen Feldzug ab und zog sich mit seinen Truppen in Richtung Osten zurück. Bis dahin hatten sie allerdings bereits weite Teile Ungarns in Massakern stark entvölkert. Es gibt Schätzungen, dass von den zwei Millionen Menschen, die 1240 in Ungarn gelebt haben sollen, die Hälfte dem Mongolensturm unmittelbar zum Opfer fielen und eine weitere halbe Million im Laufe der darauf folgenden Hungersnöte und Epidemien starben. Das für das Land verheerende Ereignis wird in Ungarn auch als tatárjárás bezeichnet.
In den Folgejahren begann Béla mit dem Wiederaufbau seines Landes. Dazu holte er Siedler ins Land, zunächst vor allem aus Frankreich und Wallonien, später aber überwiegend aus dem deutschen Rheinland. Weitere Siedler kamen aus den unmittelbaren Nachbarländern. Bereits ab 1239 waren auch vor den Mongolen fliehende Kumanen zwischen Donau und Theiß angesiedelt worden. In erster Linie aus ihnen bestand das nach dem Mongolensturm aufgebaute Heer, mit dem der König seine folgenden Feldzüge unternahm. Außerdem legte Béla ein umfangreiches Burgen- und Städtebauprogramm auf, bei dem ebenfalls die Siedler halfen und das den Ausbau der Macht der ungarischen Oligarchie förderte, die letztlich ab 1301 in der Bildung von Kleinkönigtümern gipfeln sollte. Das neue Konzept beim Städtebau war, dass die Städte durch Steinmauern umfasst wurden. Denn der Mangel an solchen befestigten Städten war ein Grund für den Erfolg des mongolischen Eroberungszuges. Am 16. November 1242 verlieh er Zagreb durch die Goldene Bulle (kroatischzlatna bula) den Titel einer freien Königsstadt.[1][2] Bereits 1234 hatte Virovitica den Status einer freien Königsstadt erhalten.
Nachdem 1246 Herzog Friedrich II. von Österreich und der Steiermark in der Schlacht an der Leitha getötet worden war, bemühte sich Béla um die Erlangung von dessen Herzogswürde, die er dem verbündeten Fürsten von Halitsch-Wolhynien (Galizien) übertragen wollte, was aber erfolglos blieb. Nachdem sich 1251 Ottokar II. in Österreich durchgesetzt hatte, schloss Béla 1254 mit ihm den Frieden von Ofen und ging 1261 im Frieden von Wien sogar ein enges Bündnis mit ihm ein.