Von 1995 bis 2006 war sie Kantorin in der katholischen Südstadtgemeinde Maria Hilf–St. Maternus–St. Paul in Köln.
Im Jahr 2006 kehrte Aya Yoshida nach Japan zurück. Neben ihrer umfangreichen Konzerttätigkeit mit Schwerpunkten in Japan und Deutschland hat sie die künstlerische Leitung des von ihr gegründeten Zyklus Orgelherbst in Nagoya inne.[1]