Der Geschwaderstab (auch Stab AG 51) unterstützte den Kommodore und legte die zur Umsetzung des Auftrages erforderlichen Maßnahmen fest. Seine Sachgebiete unterteilten sich in:
S1 – Personalwesen, S2 – Militärische Sicherheit und militärisches Nachrichtenwesen, S3 – Einsatz, Organisation und Ausbildung, S4 – Logistik, S6 – Fernmeldewesen, Datensicherheit.
Das Aufklärungsgeschwader 51 gliederte sich in drei Gruppen: die Fliegende Gruppe, die Technische Gruppe und die Fliegerhorstgruppe.
Fliegende Gruppe
Der Fliegenden Gruppe gehörten zwei fliegende Staffeln sowie die Flugbetriebsstaffel an. Bei Planung, Steuerung und Überwachung des Flugbetriebs arbeitete der Stab mit den Sachgebieten S1 bis S3 dem Kommandeur Fliegende Gruppe zu. Der Fliegenden Gruppe waren ferner die Geophysikalische Beratungsstelle (Geophys. BSt) zur Wetterberatung der fliegenden Besatzungen und Datenübertragungsstelle Mitte (SLAR DÜStn Mitte) unterstellt.
Technische Gruppe
Die Technische Gruppe stellte die zum Flugbetrieb erforderlichen Flugzeuge durch Instandsetzung und Instandhaltung bereit. Auch die Versorgung des Geschwaders mit Ersatzteilen, Betriebsstoffen, Bildgeräten, Verpflegung und Bekleidung gehörte zu den Aufgaben der Technischen Gruppe. Für die Wahrnehmung dieser logistischen Unterstützung waren ein Stab und die Instandsetzungsstaffel, die Wartungsstaffel, die Elektronik- und Bildgerätestaffel sowie die Nachschubstaffel zuständig.
Am 17. September 1992[7] fand im Rahmen eines „LAST CALL“ eine große Abschiedsparty von den fliegenden Verbänden der NATO und befreundeter Staaten statt, am 25. September 1992 folgte die Entlassung des AG 51 aus der NATO-Assignierung durch den Befehlshaber der 4. Alliierten Taktischen Luftflotte, Generalleutnant Pacholke, am 18. Dezember 1992 die Einstellung des Übungsflugbetriebes und am 4. Januar 1993 die Verleihung der Flugsicherheitsurkunde des Inspekteurs der Luftwaffe. Am 16. Februar 1993 verließ das letzte Einsatzflugzeug des Verbandes den Flugplatz Bremgarten und am 17. März 1993 erfolgte die nationale Außerdienststellung mit großem Truppenappell und Zapfenstreich sowie die Übergabe der Truppenfahne an Oberstleutnant Sowada, den Kommodore des „neuen“ Aufklärungsgeschwaders 51 in Jagel.
Vom 1. April 1993 wurde der Dienstbetrieb von einem Nachkommando, ab 1. November 1993 von einem „Restkommando“ durchgeführt und nach dessen Auflösung die restlichen Soldaten, unter Beibehaltung des Dienstortes, dem Verteidigungsbezirkskommando 53 in Freiburg im Breisgau unterstellt. Am 31. August 1994 verließ der letzte Soldat des Verbandes den Flugplatz Bremgarten.
↑Veit Scherzer: Ritterkreuzträger 1939–1945. Die Inhaber des Eisernen Kreuzes von Heer, Luftwaffe, Kriegsmarine, Waffen-SS, Volkssturm sowie mit Deutschland verbündete Streitkräfte nach den Unterlagen des Bundesarchivs. 2. Auflage. Scherzers Militaer-Verlag, Ranis/Jena 2007, ISBN 978-3-938845-17-2.