Schüte wuchs in Köln auf. Nach der Mittleren Reife an einer Realschule in Liblar erhielt sie privaten Schauspielunterricht. Bei der Zeitschrift Mädchen bewarb sie sich 1978 mit einem Passfoto für die Rolle einer Balletttänzerin in Die Geschichte der Laura M. Sie erhielt die im Abspann ungenannte Rolle, für die es über 3000 Bewerberinnen gab. Ihre eigentliche Filmkarriere begann 1980 mit einer Hauptrolle in dem SofterotikfilmZärtliche Cousinen von David Hamilton. Es folgte weitere Softpornos oder einfältiger Klamauk wie Ein dicker Hund. Bis 1986 wirkte sie in insgesamt sechs Kinofilmen mit.
Anja Schüte war von 1990 bis 1995[1] mit dem Schlagersänger Roland Kaiser verheiratet, mit dem sie einen Sohn hat. 2009 trennte sie sich nach acht Jahren von dem Architekten Hans Schwemer.[2] Ab 2011 war sie mit dem Sylter Hotelier Jörg Brunkhorst zusammen.[2] Seit September 2017 ist Schüte mit einem norwegischenReeder liiert,[3] den sie Ende August 2019 heiratete.[4] Das Paar lebt in der norwegischen Hauptstadt Oslo.