Amphoe Wat Bot liegt im Norden der Provinz Phitsanulok innerhalb des Beckens des Mae Nam Nan(Nan-Fluss), der dem Mae Nam Chao Phraya (Chao-Phraya-Fluss) zufließt. Wat Bot wird auch vom Flüsschen Mae Nam Khwae Noi (Thai: แม่น้ำแควน้อย) durchströmt.
Teile des Gebiets von Wat Bot sind Element des Waldschutzgebiets Khwae Noi, das vor kurzem dem NationalparkKaeng Chet Khwae eingegliedert wurde.
Wat Bot wurde am 1. Januar 1948 zunächst als Kleinbezirk (King Amphoe) gebildet, indem das Gebiet vom Amphoe Phrom Phiram abgetrennt wurde. Am 6. Juni 1956 erfolgte die Erhebung zu einem vollen Amphoe. Das heute benutzte Hauptverwaltungsgebäude wurde am 4. Juli 1991 eröffnet.
Wat Bot (Thai: เทศบาลตำบลวัดโบสถ์) ist auch der Name einer Kleinstadt (Thesaban Tambon) im Bezirk. Sie besteht aus Teilen der Tambon Wat Bot, Tha Ngam and Thothae.
Außerdem gibt es sechs „Tambon Administrative Organizations“ (TAO, องค์การบริหารส่วนตำบล – Verwaltungs-Organisationen) für die Tambon im Landkreis, die zu keiner Stadt gehören.