Nach seiner Rückkehr aus der Antarktis nahm Mackay an der Kanadischen Arktisexpedition (1913–1918) unter Vilhjálmur Stefánsson teil. Ziel dieser Forschungsreise war die Erkundung des Gebiets um die Parry-Inseln und die Errichtung einer Forschungsstation am Nordwestrand des kanadisch-arktischen Archipels. Das Transportschiff Karluk wurde jedoch im Packeis eingeschlossen und sank. Beim Versuch, ab dem 5. Februar 1914 gemeinsam mit James Murray, Henri Beuchat und dem Matrosen Stanley Morris über das Eis die Wrangel-Insel zu Fuß zu erreichen, ging er mit ihnen verschollen.
Nach Alistair Mackay ist der antarktische Mackay-Gletscher benannt.
Literatur
Leif Mills: Men of Ice: The Lifes of Alistair Forbes Mackay (1878–1914), and Cecil Henry Meares (1877–1937). Caedmon of Whitby, Whitby 2008, ISBN 978-0-905355-69-6.