1996 nahmen Alien Ant Farm ihre erste Demo auf, die 100$ E.P., zwei Jahre später (1998) folgt mit Love Songs eine weitere Demo. Sie traten drei Jahre lange nur in Clubs auf, bevor sie schließlich ihr LP-Debüt Greatest Hits aufnahmen, welches 1999 zum besten Independent-Album gekürt wurde.
Eine tiefe Freundschaft verbindet Alien Ant Farm mit der Metal Rock-Band Papa Roach, beide Bands machen gegenseitig Werbung füreinander bei ihren Auftritten. Alien Ant Farm waren dann auch das erste Signing des Papa Roach-Labels New Noize. Papa Roach Frontmann Jacoby Shaddix brachte sie bei Dreamworks/Universal unter, wo 2001 mit ANThology ihr erstes Majorlabel-Album erschien, das Platz 11 der US-Charts erreichte. Ebenfalls 2001 erlangten sie weiterreichende Bekanntschaft, als im Videospiel „Tony Hawks Pro Skater 3“ ihr Lied „Wish“ einer der Soundtracks wurde. Den großen Durchbruch schafften sie mit ihrem Cover von Michael JacksonsSmooth Criminal, mit dem sie bis auf Platz 3 der UK-Single-Charts vorstießen. Mit der Nachfolge-Single Movies erreichten sie dann den fünften Platz.
Im Jahre 2005 nahm die Band, die sich inzwischen von Terry Corso getrennt hatte (neuer Gitarrist wurde Joe Hill), ein neues Album mit dem Namen 3rd Draft auf. Dieses wurde allerdings vorerst nicht veröffentlicht, da es Differenzen mit dem Plattenlabel Geffen Records gab. Inzwischen haben Alien Ant Farm jedoch zu Universal Music gewechselt und 3rd Draft wurde unter dem Namen Up in the Attic veröffentlicht.
Im Februar 2008 gab die Band bekannt, dass sie ihre Streitigkeiten beseitigt haben und wieder in Originalbesetzung spielen. Im Februar 2015 wurde nach neun Jahren das neue Album "Always and Forever" vorgestellt.
Aktuell besteht die Band aus den Mitgliedern Dryden Mitchell, Terry Corso, Tim Peugh (ehemals Valora, Mystery Schools) und Mike Cosgrove. Tye Zamora konzentriert sich auf Hintergrundprojekte.
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