Nach seinem Tod wurde das Herzogtum unter seinen verheirateten Söhnen aufgeteilt und weitere Nebenlinien des Hauses Schleswig-Holstein-Sonderburg entstanden.
Nachkommen
Am 26. November 1604 heiratete Herzog Alexander in Schwarzburg Prinzessin Dorothea von Schwarzburg-Sondershausen (1579–1639), Tochter des Grafen Johann Günther I. und Anna von Oldenburg. Aus der Ehe gingen zehn Kinder hervor: