Von 1884 bis 1892 war er Regierungsrat. Affolter leitete abwechselnd das Justiz-, das Innere, das Polizei- und das Erziehungsdepartement.
Anschliessend war Affolter von 1892 bis 1904 als Anwalt in Solothurn tätig und wurde 1904 zum Bundesrichter gewählt. Als solcher war er bis 1930 tätig.
Affolter verfasste Entwürfe zur Strafprozessordnung von 1885 sowie zur Revision des solothurnischen Zivilgesetzbuchs (ZGB) und der Zivilprozessordnung 1891.
Affolter verfasste zahlreiche juristische Publikationen. Seine letzte Ruhestätte fand er auf dem Friedhof St. Katharinen in Solothurn.