Chacińskas Forschungsschwerpunkte liegen in der der Biochemie und den molekularen Aspekten der Zellbiologie. Hierbei konzentriert sie sich vor allem auf die Biogenese, den Transport und den Abbau mitochondrialer Proteine sowie Fehler bei deren Abbau, die zu Krankheiten führen. Dazu gehören die Zusammenhänge zwischen Proteintransport und Proteinhomöostase. Ihre Forschung trug zur Entdeckung jener Mechanismen bei, die für den Transport und die Reifung von Proteinen in Mitochondrien verantwortlich sind. Es gelang, verschiedene daran beteiligte Proteine und Stoffwechselwege zu identifizieren und zu analysieren. So konnte unter Zugrundelegung der Forschungsarbeiten von Chacińska das Ubiquitin-Proteasom-System, das einen maßgeblichen Einfluss auf viele zelluläre Prozesse hat, entdeckt werden. Bei ihren Forschung bildete die Reaktion der Zellen auf Stress und der Einfluss von Chaperonen einen weiteren Schwerpunkt.
