Ihre Heirat mit dem ungarischen König fand am 13. Februar 1296 in Wien statt; König Andreas starb jedoch bereits fünf Jahre später und Agnes übernahm von da an die Erziehung ihrer Stieftochter Elisabeth. 1308 wurde Agnes’ Vater bei Windisch, unweit der Stammburg der Habsburger, ermordet. Zum Gedenken an diese Familientragödie stiftete die Witwe Elisabeth von Görz-Tirol das Kloster Königsfelden, ein Doppelkonvent der Klarissen und Franziskaner-Minoriten. Agnes lebte dort ab 1317, ohne je ein Gelübde abzulegen. Zur gleichen Zeit trat ihre Stieftochter Elisabeth ins nahe gelegene Dominikanerinnenkloster Töss ein. Das Kloster Königsfelden führte Agnes mittels umfangreicher Landkäufe und wirtschaftlichen Geschicks zur Blüte. Unter anderem gab sie den Auftrag zum Bau der Klosterkirche Königsfelden, die zu den Hauptwerken der Bettelordensarchitektur in der Schweiz zählt.
Agnes von Ungarn besaß die landesherrschaftlichen Rechte über die habsburgischen Ämter Bözberg und Eigenamt sowie über die Stadt Brugg. Sie stiftete das Spital in Baden.
Meister Eckhart schrieb in ihrem Auftrag die Trostschrift „Buch der göttlichen Tröstung“.
Ellen Widder: Überlegungen zur politischen Wirksamkeit von Frauen im 14. Jahrhundert. Margarete Maultasch und Agnes von Ungarn als Erbtöchter, Ehefrauen und Witwen, in: 1363–2013. 650 Jahre Tirol mit Österreich, hg. v. Christoph Haidacher und Mark Mersiowsky, Innsbruck 2015 (Veröffentlichungen des Tiroler Landesarchivs 20), S. 91–134.