Die A-Junioren-Bundesliga 2009/10 ist die siebte Saison der 2003 gegründeten A-Junioren-Bundesliga. Sie wurde wie auch die Jahre zuvor in drei Staffeln gespielt.
Am Saisonende spielen die drei Staffelsieger sowie der Vizemeister der Staffel Süd um die deutsche Meisterschaft. Das Halbfinale wird im Hin- und Rückspiel, das Finale in einem Spiel ausgetragen. Die drei letztplatzierten Mannschaften der drei Staffeln steigen ab.
Als Staffelsieger der A-Jugend-Regionalligen Nord und Nordost der Vorsaison nehmen Holstein Kiel und der Hallescher FC als direkte Aufsteiger an der A-Junioren-Bundesliga teil. Die Vizemeister beider Staffeln, der VfB Oldenburg und Tennis Borussia Berlin, spielten in einer Relegation den dritten Aufsteiger aus, wobei schließlich Tennis Borussia Berlin die A-Junioren-Bundesliga erreichte. Somit ist Berlin mit drei Vereinen in der Staffel vertreten.
Aus den untergeordneten Ligen stiegen der SCB Viktoria Köln als Vertreter der A-Jugend-Verbandsliga Mittelrhein, Fortuna Düsseldorf als Vertreter der A-Jugend-Verbandsliga Niederrhein und der SC Preußen Münster 09 aus der A-Jugend-Verbandsliga Westfalen in die A-Junioren-Bundesliga auf. Somit sind sowohl Köln als auch Bochum mit je zwei Vereinen in der Staffel vertreten.
Als direkte Aufsteiger aus den untergeordneten Ligen gelangten der 1. FC Nürnberg aus der A-Jugend-Bayernliga und der SV Waldhof Mannheim aus der A-Jugend-Oberliga Baden-Württemberg in die A-Junioren-Bundesliga. Die Aufstiegs-Aspiranten der A-Jugend-Regionalliga Südwest und der A-Jugend-Oberliga Hessen spielten in einer Relegation den dritten Aufsteiger aus, wobei sich der hessische Verein SV Darmstadt 98 gegen den Südwest-Vertreter 1. FC Saarbrücken durchsetzte. Mit 1860 und Bayern ist München als einzige Stadt mit zwei Vereinen in der Staffel vertreten.
