VfL Wolfsburg blev stiftet den 12. september1945. Da klubben blev stiftet var det kun syv år efter, at byen Wolfsburg blev grundlagt omkring Volkswagens fabrik. Klubben blev stiftet som en multisportsklub for arbejder hos Volkswagen, og har siden starten fået blandt andet gymnastik, håndbold, basketball, hockey, atletik, svømning og selvfølgelig fodbold som de første sportsgrene. Seneste tilføjelse er motorsport fra 2005.
I mange år spillede klubben i de lavere rækker, men i 1993 rykkede klubben for tredje gang op i 2. Bundesliga, hvor den, i modsætning til 1974 og 1976 ikke rykkede ned igen. I 1997 rykkede klubben op i Bundesligaen, hvor den har ligget siden, på trods af spådomme om en hurtigt nedrykning i den første sæson.
Klubbens placering i 2004/05-sæsonen var en 9. plads. I sæsonen 2005/2006 præsterede de dog ikke så godt som sæsonen før – sæsonen endte med en skuffende 15. plads, en bedrift der blev gentaget året efter. I 2007/08-sæsonen blev der dog sat ny rekord i klubben, da den endte på en flot 5. plads, for allerede året efter at hjemtage det første tyske mesterskab til klubben, nogensinde. Klubben vandt mesterskabet med tre point ned til rækkens nummer to, FC Bayern München. Dette betød også, at klubben skulle ud at spille UEFA Champions League for første gange i klubbens historie, i sæsonen 2009/10.
I samme sæson satte klubbens to frontangribere, Edin Dzeko og Grafite, to imponerende rekorder: De var de første to spillere fra samme klub til at score over 20 mål i samme sæson i Bundesligaen. De slog også rekorden fra 1973 for flest scorede mål af to angribere for samme hold, med 54 mål i alt (Grafite: 25 kampe/28 mål; Edin Dzeko: 32 kampe/26 mål).
