Universitetet blev grundlagt i 1819 af Thomas Jefferson og er det eneste universitet i USA, der er på UNESCO's verdensarvsliste. Det har spillet en vigtig rolle i det amerikanske undervisningssystem, idet det var først med uddannelser indenfor astronomi, filosofi og arkitektur. Siden 1840'erne har universitetet baseret sig på et såkaldt hædersystem, hvor de studerende lover ikke at lyve, stjæle eller snyde. Det betyder i praksis, at skriftlige eksaminer afholdes uden opsyn.
