Orgelfacaden er fra Johan Lorentz' orgel fra 1634-1636. Det nuværende orgelværk er fra 1997, bygget af Marcussen & Søn.[2] Komponisten Diderik Buxtehude var kirkens organist fra 1660-1668
Efter reformationen forlod Karmeliterordenen Danmark og kronen overtog alt kirkegodset som blev benyttet som rejsestald, tærskelo og oplagsplads. Der var planer om at nedrive kirken, men efter en bøn fra de mange hollandske og tyskere udlændinge i byen, overlod Frederik 2. kirken til den tysk-nederlandskemenighed i 1576-77.[3] Sankt Mariæ kirke kaldtes herefter for den Tydske Kirke. Alle gudstjenester og kirkelige handlinger afholdtes derefter på tysk indtil 1851.[4]
Klosterets vestfløj blev i 1541 af Christian 3. indrettet til latinskole og klosterets østfløj indrettet til Helsingørs almindelige Hospital med plads til ca. 50 beboere. Hospitalet, var ved arv og gaver en rig stiftelse. Klosteret blev gennemrenoveret fra 1900 til 1907 under ledelse af arkitekt H. B. Storck. Kirkens kalkmalerier blev restaureret i 1992.
Den verdenskendte organist og komponist Diderich Buxtehude (1637-1707) var organist i kirken fra 1660-1668, inden han blev organist i Mariekirken i Lübeck.[3]
^I kirkebogen for Sankt Olai kirke står ved nogle begravelser, at den skete i Tydsk Kirke. Videre er oplyst om, hvor meget der betaltes for ringning med kirkens klokker og klokkeslettet for begravelsen. Oplysningerne om afdøde er i nogle tilfælde fyldigere end i Sankt Mariæ kirkebog.
.svg)
