SECIS-element

I biologi er et SECIS-element (SECIS: selenocystein indsætningssekvens) et cis-regulerende RNA-element på omkring 60 nukleotider i længde, der former en stem

SECIS-element
SECIS-elementet er cis-regulerende med en gennemsnitlig længde på 64,2 nukleotider.

I biologi er et SECIS-element (SECIS: selenocystein indsætningssekvens) et cis-regulerende RNA-element på omkring 60 nukleotider i længde, der former en stem-loop-struktur.[1] Dette strukturelle motiv (mønster af nukleotider) dirigerer ribosomerne i cellen til at translatere UGA-codons som selenocysteiner. (UGA er normalt et stop-codon.) SECIS-elementer er således et fundamentalt aspekt af selenoproteiner, som er proteiner, der indeholder en eller flere selenocysteinrester.

I bakterier er SECIS-elementet placeret lige efter det UGA-codon det ændrer. I archaea og eukaryoter forekommer det i 3'-UTR af et mRNA og kan forårsage at flere UGA-codons i mRNA'et koder for selenocystein. Et archaeask SECIS-element i Methanococcus er placeret i 5'-UTR.

SECIS-elementet er defineret ved sekvenskarakteristika, hvilket omfatter at specifikke nukleotider har tendens til at være på specifikke positioner i det, og karakteristisk sekundærstruktur. Sekundærstrukturen er et resultat af baseparring af komplementære RNA-nukleotider og har form af en hårnålelignende struktur. Det eukaryote SECIS-element inkluderer ikke-kanoniske A-G-basepar, som er sjældne i naturen, men er af kritisk vigtighed for korrekt funktion af SECIS-elementet. Selvom eukaryote, archaeiske og bakterielle SECIS-element alle har den generelle hårnålestruktur er de ikke ensdannede; et skema til at genkende eukaryote SECIS-elementer vil altså ikke være i stand til at genkende archaeiske SECIS-elementer.

I bioinformatik er flere computerprogrammer blevet lavet til at søge efter SECIS-elementer i en genomsekvens baseret på sekvensen og karakteristikaene for sekundærstrukturen af SECIS-elementet. Disse programmer er blevet brugt i eftersøgningen af nye selenoproteiner.[2]

Referencer

  1. ^ Walczak, R (1996). "A novel RNA structural motif in the selenocysteine insertion element of eukaryotic selenoprotein mRNAs". RNA. 2: 367-379. PMID 8634917. {{cite journal}}: Ukendt parameter |coauthors= ignoreret (|author= foreslået) (hjælp)
  2. ^ Lambert, A; Lescure A, Gautheret D (2002). "A survey of metazoan selenocysteine insertion sequences". Biochimie. 84: 953-959. PMID 12458087.
  • G. V. Kryukov, S. Castellano, S. V. Novoselov, A. V. Lobanov, O. Zehtab, R. Guigó, and V. N. Gladyshev (2003). "Characterization of mammalian selenoproteomes". Science. 300 (5624): 1439-1443. doi:10.1126/science.1083516.{{cite journal}}: CS1-vedligeholdelse: Flere navne: authors list (link)
  • Gregory V. Kryukov and Vadim N. Gladyshev (2004). "The prokaryotic selenoproteome". EMBO Rep. 5 (5): 538-543.
  • Alain Krol (2002). "Evolutionarily different RNA motifs and RNA-protein complexes to achieve selenoprotein synthesis". Biochimie. 84 (8): 765-774.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.