Rubkow er beliggende 11 kilometer nord for Anklam og 31 kilometer sydøst for landkreisens administrationsby Greifswald. Nord og øst for kommunen ligger store sammenhængende skovområder. Ud over Buggower See i Seetannen-skoven, findes ikke andre søer end små damme og kær i kommunen. Landskabet er bølget, men der er kun få steder over 35 moh. Højeste punkt er en bakke på 38 moh. nordvest for Wahlendow.
