Region Hovedstadens Apotek er organisatorisk opdelt i 5 virksomhedsområder: Produktion, Kvalitet, Logistik, Klinisk Farmaceutisk Ydelse samt Administration.
Farmaceuter, farmakonomer, laboranterne, hospitalsmedhjælperne og apoteksportørerne arbejder hovedsageligt med fremstilling og produktion af de lægemidler, som sygehusene skal bruge. Derudover transporterer og distribuerer apoteksportørerne og hospitalsmedhjælperne medicinen rundt til sygehusenes afdelinger. Sygehusapoteket er også ansvarlig for lægemiddelforsyningen til regionens psykiatriske institutioner og det grønlandske og Færøske sundhedsvæsen.
Region Hovedstadens Apotek samarbejder med Pharma og Pharmakon om farmaceut- og farmakonomuddannelsen, idet sygehusapotekerne modtager farmakonom- og farmaceutstuderende på studieophold.
