Hans mest kendte udgivelser er Reformatoren fra Galilæa, en fortælling fra det gamle Palæstina (1885) og romanen Guld og Ære (1895). Andre bøger af ham er Nina. En psykologisk Skildring (1883), Forlovede Eksistenser, Studier og Skizzer (1885), Unge Ægtefolk (1889), Lys over Landet (1892), Overmennesker (1897) og romanen Millionærens Pilegrimsfærd (1898).
Møller var forholdsvis kendt i sin samtid, men er siden hen blevet glemt af offentligheden, formentlig på grund af sin alt for tidlige død. Forfatteren synes dog at være genopdaget i det enogtyvende århundrede, med en genudgivelse af "Guld og Ære", både i almindelig bogudgave og som lydbog (2006), samt "Millionærens Pilegrimsfærd" som lydbog (2007).
P. R. Hvelplund: Oplysninger om 397 Translatører og Translatricer, der fik Bevilling i Aarene 1849-1907
R. Wolfert: Otto Martin Møllers Nina – ein dänischer „Lesbenroman“ aus dem Jahr 1883 und seine deutsche Übersetzung, i: Mitteilungen der Magnus-Hirschfeld-Gesellschaft Nr. 52 (mai 2015), S. 10-20.