I 1908 blev han finansminister i J.C. Christensens ministerium, men da J.C. Christensen allerede samme år måtte afgå efter Alberti-skandalen, blev Neergaard konseilspræsident. Fra 1910-13 var Neergaard finansminister i Klaus Berntsens ministerium, og i 1920, efter at Påskekrisen havde udløst valg, blev han statsminister i en regering, der sad til 1924. Fra 1926-29 var han igen finansminister i Madsen-Mygdals regering.
Niels Neergaard var en politiker som havde sin styrke i saglighed i højere grad end i det taktiske, politiske spil.
Karriere som historiker
Som historiker skrev han betydningsfulde værker om nyere, dansk politisk historie. Det vigtigste må siges at være Under Junigrundloven, der udkom i to bind (andet bind i to halvbind) i perioden 1892-1916. Her blev den politiske udvikling i perioden 1848-1866 givet en så grundig behandling, at værket stadig i dag har værdi, hvis man ønsker at studere dette emne. Han bidrog også til Salmonsens Konversationsleksikon.
Han var medlem af det Nordiske Interparlamentariske Råd 1908-20, præsident for foreningen De danske Atlanterhavsøer 1914-17, bestyrelsesformand i Dansk Krigs-Søforsikring for Varer og for Krigsforsikringen for danske skibe 1914, medlem af Nationalbankens repræsentantskab 1918-20, medlem af Det kongelige danske Selskab for Fædrelandets Historie, af Rask-Ørsted Fondets komité og af Rigsdagens delegation til Pariserkonferencen 1919.
