Området er udpeget for at beskytte det rige fugleliv - både ynglende fugle, rastende trækfugle og overvintrende fugle. De mange småøer giver mulighed for, at
jordrugende fugle som terner, måger og vadefugle kan yngle, ligesom det store fladvandede
område i fjorden er fødekammer for både ynglefugle og vinterrastende fugle, og for at sikre dette er store dele af Natura 2000-området også udpeget som vildtreservat nogle steder med begrænset adgang i yngletiden (15. marts-15. juli).[1][2][3]
Nakskov Fjord er et åbent marint område med meget lavvandede partier og forskellige bundforhold lige fra rev til sandbanker. I den sydlige del af fjorden findes den store lavvandede kystlaguneSøndernor, der mod vest og nordvest afgrænsen af den 5,5 km lange krumoddeAlbuen. Nakskov Inderfjord, er en brakvandssø syd for
Nakskov By og med forbindelse til fjorden via sluseport. Der findes 10 øer og holme i fjorden, bl.a. Enehøje (den største), Rommerholm, Smedeholm, Dueholm, Kåreholm og Munkeholm samt dele af Albuen, Bondeholm og Vejlø.[1]
.svg)
