Som forfatter udgav Skjoldager bogen Truslen Indefra - de danske terrorister i 2009.[2]
I bogen afslørede Skjoldager at politiets tekniker havde lavet en fejl ved prøvetagning af sprængstoffer under ransagningen af en af de mistænktes lejlighed i den såkaldte Terrorsag fra Glostrup.[3]
Bogen var i 2010 indstillet til både Cavlingprisen og FUJ-prisen.
Han holder foredrag med baggrund i bogens emne.[1]
I efteråret 2016 blev Skjoldagers bog Syv år for PET - Jakob Scharfs tid ramt af to fogedforbud en uges tid før den planlagte udgivelse.[4][5]
Det retslige efterspil for Skjoldagers kilde Jakob Scharf varede helt frem til den 13. marts 2020, hvor Rigspolitiet undlod af anke Østre Landsrets afgørelse,[6]
mens Rigspolitiet droppede sigtelsen mod Skjoldager i begyndelsen af 2021.[7]
Bogen blev genoptrykt med et enkelt citat fjernet.[6]
Udover egne bøger har Skjoldager bidraget med et kapitel til den engelsk-sprogede bog Understanding Terrorism Innovation and Learning: Al-Qaeda and Beyond.[8]