Universitetet blev dannet i 1817 ved en sammenlægning af Universität Wittenberg (grundlagt i 1502) og Friedrichs-Universität Halle (grundlagt i 1691). Universitetet er opkaldt efter den tyske munk og reformatorMartin Luther, der var professor i Wittenberg. I dag er universitet placeret i Halle og afdelingen Leucorea, der bl.a. afholder kongresser og seminarer, er placeret i Wittenberg.