Som led i moderens ægteskabspolitik blev Ærkehertuginde Maria Josepha forlovet med den senere kong Ferdinand 1. af Begge Sicilier. Inden ægteskabet kom i stand, blev hun dog syg med kopper og døde på Schönbrunn Slot den 15. oktober1767, den selvsamme dag som hun skulle have forladt Wien på sin rejse over Alperne for at blive gift med Ferdinand. I stedet blev hendes lillesøster Ærkehertuginde Maria Karolina gift med Ferdinand i 1768.
Ligesom mange af sine søskende er hun begravet i Maria Theresia-krypten, en del af Kejserkrypten under Kapucinerkirken, Habsburgernes traditionelle gravkirke i Wien.[1] Hendes hjerte blev begravet separat og opbevares i hjertekrypten i Loretokapellet i Augustinerkirken i Wien.
=Døde ved fødsel eller før 10-års alderen. Grupper markeret med lysgrøn var ikke regerende, da Karl 1. abdicerede i 1918. Siden har familien brugt navnet "von Habsburg-Lothringen".
.png)
