Margrete blev en populær dronning i Skotland og blev beskrevet som smuk, blid og fornuftig. Mange historikere kaldte hende langt bedre kvalificeret til at udtale sig end sin mand. Hendes søn hævder, at Margrete blev forgiftet af John Ramsay, 1. Lord Bothwell, leder af en af de politiske grupperinger. Men da Ramsay blev begunstiget af den kongelige familie også efter dronningens død, må det anses for bagvaskelse, selv om han havde kendskab til giftstoffer. Under krisen 1482, da hendes mand blev frataget magten i flere måneder, siges Margrete at have vist større interesse for velfærd for sine børn end for sin mand. Trods senere rygter er der ingen grund til at tro, at kongen ønskede hendes død.
Da Margretes far, kong Christian 1., manglede fri kapital blev Orkneyøerne og Shetlandsøerne givet i pant til Skotland, til medgiften var betalt. Trods flere forsøg på at betale medgiften nægtede Skotland at modtage pengene, hvorfor de to øgrupper forblev skotske besiddelser.
Da der i løbet af 1900-tallet spredte sig en utilfredshed med de britiske centralmyndigheders behandling af distrikterne, blev den historiske aftale om Margretes ægteskabskontrakt gravet frem. Der blev sendt en bøn til både den svenske og den danske konge om at udbetale Margretes medgift i kontanter til det skotske finansdepartement for at tilbageføre Orkneyøerne og Shetlandsøerne som en del af Norge alternativt af Danmark. Da dette ikke var politisk muligt, blev løsrivelsen ikke gennemført.