Hans bekendtskab med Hitler sikrede ham valget som rigsbiskop som han blev indviet til september 1933. Hans embedsførelse blev hurtigt omstridt og medvirkede til dannelsen af den kirkelige oppositionsbevægelse. Müller mistede efterhånden partiets støtte og 1935 også reele beføjelser ved udnævnelsen af en rigskirkeminister, Hanns Kerrl.[1]
