Lejre Museums faste udstilling beskriver områdets historie ved hjælp af genstande, landskabsmodeller og interaktive medier. Udstillingens design er udviklet af kunstnerparret Maja Lisa Engelhardt og Peter Brandes, og kunstværker indgår i udstillingen sammen med de historiske genstande. Derudover har Lejre Museum skiftende særudstillinger.
Museets hovedbygningen Hestebjerggård fremstår som et fint eksempler på en gård fra 1800-tallet og den endnu ældre Gl. Kongsgård (der ligger 200 m nord for Hestebjerggård) er fra omkring år 1700.
