Han var manden bag de såkaldte Provst Exner-fredninger der var frivillige fredninger af større eller mindre arealer omkring kirkerne, for at sikre synlighed til og udsyn fra de gamle kirker. Han begyndte i 1937 at rejse rundt i landet for at sikre frivillige fredninger hos lodsejere, der boede tæt op til kirkerne, men især i 1950'erne blev der indgået mange aftaler, så der nu findes der ca. 1.100 af disse provst Exner-fredninger.
Johan Exner var logivært for modstandsbevægelsen, som sønnen Johannes Exner også blev medlem af. 18. februar1945 blev både Johan og Johannes Exner arresteret af Gestapo. Johannes Exner blev tævet og mishandlet i to uger og dernæst indsat i Frøslevlejren, hvorfra han 25. april blev overført til Sverige.[1]
Exner-fredning
Exner er især kendt for sin indsats for fredning af landsbykirkernes omgivelser. Han blev i 1941 opmærksom på, at kirkernes omgivelser kunne blive skæmmet af vilkårlig bebyggelse som skure, værksteder etc. og fik ved lodsejernes velvilje sin egen kirkes omgivelser fredet. Denne metode blev fra 1945 støttet af staten, hvilket medførte, at henved 4.500 grunde omkring danske landsbykirker blev underlagt fredning (de såkaldte Exner-fredninger, egl. kirkeomgivelsesfredninger).