Kong Jakob 1. af Skotland mødte Joan mens han var fange i England og kan tidligst have mødt hende i 1420.[2] Hun siges at have været inspirationen til kong Jakobs berømte lange digt, The Kingis Quair ("Kongens bog"), skrevet under hans fangenskab, efter at han havde set hende i haven fra sit vindue.[3] Ægteskabet var i hvert faldt delvist politisk, da deres ægteskab var en del af aftalen om hans løsladelse fra fangenskab. Fra et engelsk perspektiv var en alliance med Beaufort-familien beregnet til at fastholde Skotland i alliance med England i stedet for med Frankrig.[2] Forhandlingerne resulterede i, at Joans medgift på 10.000 merk blev fratrukket Jakob betydelige løsesum.[4]
Dronning af Skotland
Den 12. februar 1424 blev Joan Beaufort og kong Jakob gift i St Mary Overie Church i Southwark.[2][5] De blev fejret i Winchester Palace samme år af hendes onkel, kardinalHenry Beaufort. Hun ledsagede sin mand, da han vendte tilbage fra fangenskab i England til Skotland, og blev kronet sammen med sin mand i Scone Abbey. Som dronning bad hun ofte kongen om nåde til dem, der kunne blive henrettet.[6]
Jakob 1. blev myrdet i Perth den 21. februar 1437. Joan havde også været et mål for mord sammen med sin mand, men formåede at overleve sine skader.[2] Hun ledte med succes sin mands støtter til at angribe hans morderer, Walter Stewart, jarl af Atholl, men blev tvunget til at opgive magten tre måneder senere.[2] Udsigten til at blive styret af en engelsk kvinde var upopulær i Skotland.[2]Jarlen af Douglas blev således tildelt magten, dog forblev Joan ansvarlig for sin søn.[2]
I slutningen af juli 1439 blev hun gift med James Stewart, den sorte ridder af Lorne[2] efter at have fået pavens dispensation for både blodsslægtskab og beslægtethed. James var allieret med den senere jarl af Douglas og planlagde med ham at vælte Alexander Livingston, Stirling Castles guvernør, mens Jakob 2. var umyndig. Livingston arresterede Joan i august 1439 og tvang hende til at opgive forældremyndigheden over den unge konge.[2] I 1445 genopblussede konflikten mellem Douglas- og Livingston-fraktionen og dronningens støtter, og hun blev belejret i Dunbar Castle af jarlen af Douglas, da hun døde den 15. juli 1445.Hun blev begravet i Karteuserordenens kloster i Perth.[2][5]