I 1536 gennemførtes den lutherske reformation og med den et forbud mod tiggerordener, hvorfor Broder Jacob måtte gå i landflygtighed, først i Mecklenburg, hvor han betegnede sig som provincial, dvs. leder af de danske franciskanere. Derfra drog han til Spanien.
Missionær i Mexico
I 1542 kom Broder Jacob til Mexico, hvor han lærte flere af de indianske sprog og oprettede flere klostre. Han gik stærkt ind for indianernes ligestilling i den katolske kirke. Dette vakte modstand både hos de spanske kolonimyndigheder og i kirken, herunder også hans franciskanske medbrødre. Og i spørgsmålet om at egnede indianere kunne ordineres til præster, led Jacob nederlag og måtte underkaste sig kirkebod for sine fejltagelser. Jacob havde hævdet, at det var kætteri at afvise, at indianere kunne præstevies. Selv om han måtte bøje sig, så vedblev han at arbejde for indianernes rettigheder.
Han døde i klostret i Tarecuato, hvor han var opsynsmand. Han huskes stadig som indianernes ven af den lokale befolkning. Fra 1996 har der været gjort forsøg på at få ham helgenkåret.