Ved faderens død 1754 arvede han godserne på Als og i Sundeved, som blandt andet omfattede Augustenborg, Rumohrsgaard, Gråsten, mens Gammelgaard, Sønderborg Ladegård og Rønhave hjemfaldt til kronen. Han måtte tillige overtage en meget betydelig gæld, og hans stærke klager herover bragte kongen til først at bevilge ham en livsvarig pension på 6000 rigsdaler, dernæst til atter at afstå Gammelgaard og at overtage en betydelig del af hans gæld. Det kom dernæst til aftaler om en overdragelse af arveretten til Plön og Glücksborg til kongen, mod at Frederik Christian 1764 fik Sønderborg Slot med ladegården, Rønhave, Kegenæsgaard og Majbølgaard, samt at pensionen bortfaldt. Ligeledes fik han visse skattelettelser, mens derimod forsøget på at fastholde embedet som guvernør på Als i slægten mislykkedes. Man frygtede at skabe en stilling, som kunne ligne en regerende hertugs. Frederik Christian blev 1749Hvid Ridder og senere Elefantridder.[kilde mangler]
Han havde 1762 ægtet Charlotte Amalie Vilhelmine, datter af den sidste hertug af Plön, Frederik Carl. Hun døde allerede 1770. Frederik Christian døde i 1794 og blev efterfulgt som hertug af sin søn Frederik Christian.
Denne artikel bygger hovedsagelig på biografi(er) i 1. udgave af Dansk Biografisk Leksikon, udgivet af C.F. Bricka, Gyldendal (1887–1905). Du kan hjælpe Wikipedia ved at ajourføre sproget og indholdet af denne artikel.
Når en omskrivning af teksten til et mere nutidigt sprog og wikificeringen er foretaget, skal der anføres en reference med henvisning til forfatteren og den relevante udgave af DBL, jf. stilmanualen. Dette angives som fx: {{Kilde |forfatter=Navn |titel=Efternavn, Fornavn |url=https://runeberg.org/dbl/... |work=[[Dansk Biografisk Leksikon]] |udgave=1 |bind=I til XIX |side=xxx |besøgsdato=dags dato}} og herefter indsættelse af [[Kategori:Artikler fra 1. udgave af Dansk biografisk leksikon]] i stedet for DBL-skabelonen.