Fraugdegaard er etableret som en større gård i Fraugde by og nævnes første gang i 1397. I 1580 blev Fraugdegaard oprettet som hovedgård af Oluf Daa og Dorthe Friis. I den forbindelse skete der en udskiftning af jorden, og gården fik i den forbindelse sin nuværende placering, sydøstlig for landsbyen, med bybækken og engområderne som skel til byen.
Tømmeret, som indgår i bygningen, opviser nogle steder huller, nagler og andre konstruktionstiltag, der muligvis peger på, at dele af denne bygning er genanvendt fra en ældre bygning.
I 1769 var hovedfacaden ikke længere tidssvarende, og en ny i rokokostil blev opført, men kun på den side, der vender mod indkørselsalleen. I dag ligger hovedbygningen alene på voldstedet, hvor den indtil 1882 var flankeret af lave bindingsværkfløje . På den anden holm i søen lå avlsbygningerne indtil en brand i 1889, hvorefter de fik deres nuværende placering nordvest for hovedbygningen.
Til gårdsanlægget hører en større park, der gradvist bliver til skov længere mod vest. Skoven har tidligere, i nogen udstrækning, indgået i parken. Der er i dag bevaret stisystemer, søer, stensætninger, begravelsesplads for godsejernes heste og hunde, samt forskellige prydtræer fra tidligere tiders parkkultur. Denne del omdannes dog gradvist til regulær skov og de tidligere strukturer udviskes.
